Консервативная замена - Conservative replacement

Консервативная замена (также называется консервативная мутацией или консервативное замещение ) представляет собой кислоту замены аминокислот в белке , который изменяет данный аминокислоты на другую аминокислоту со сходными биохимическими свойствами (например , заряд , гидрофобность и размером ).

И наоборот, радикальная замена или радикальная замена - это замена аминокислоты, при которой происходит замена исходной аминокислоты конечной аминокислотой с различными физико-химическими свойствами.

Описание

Множественное выравнивание последовательностей пяти белков гистона H1 млекопитающих , произведенное ClustalO . Последовательности представляют собой аминокислоты для остатков 120-180 белков. Остатки, которые сохраняются во всех последовательностях, выделены серым цветом. Под каждым сайтом (т.е. положением) выравнивания белковой последовательности находится ключ, обозначающий консервативные сайты (*), сайты с консервативными заменами (:), сайты с полуконсервативными заменами (.) И сайты с неконсервативными заменами () .

Существует 20 встречающихся в природе аминокислот, однако некоторые из них обладают схожими характеристиками. Например, лейцин и изолейцин являются алифатическими разветвленными гидрофобами . Точно так же аспарагиновая кислота и глутаминовая кислота представляют собой небольшие отрицательно заряженные остатки.

Хотя существует много способов классификации аминокислот, их часто разделяют на шесть основных классов на основе их структуры и общих химических характеристик их боковых цепей (R-групп).

Класс Аминокислоты 1-буквенный код
Алифатический Глицин , аланин , валин , лейцин , изолейцин G, A, V, L, I
Гидроксил или сер / селен отработанных Серин , цистеин , селеноцистеин , треонин , метионин S, C, U, T, M
Циклический Пролин п
Ароматный Фенилаланин , тирозин , триптофан F, Y, W
Базовый Гистидин , лизин , аргинин H, K, R
Кислые и их амиды Аспартат , глутамат , аспарагин , глутамин D, E, N, Q

Физико-химические расстояния предназначены для количественной оценки внутриклассовых и межклассовых различий между аминокислотами на основе их измеримых свойств, и многие такие меры были предложены в литературе. Из-за своей простоты двумя наиболее часто используемыми показателями являются показатели Grantham (1974) и Miyata et al (1979). Следовательно, консервативная замена - это обмен между двумя аминокислотами, разделенными небольшим физико-химическим расстоянием. И наоборот, радикальная замена - это обмен между двумя аминокислотами, разделенными большим физико-химическим расстоянием.

Влияние на функцию

Консервативные замены в белках часто оказывают меньшее влияние на функцию, чем неконсервативные замены. Сниженное влияние консервативных замен на функцию также можно увидеть в возникновении различных замен в природе. Неконсервативные замены между белками с гораздо большей вероятностью будут удалены естественным отбором из-за их вредного воздействия.

Смотрите также

использованная литература