Консервативная замена - Conservative replacement
Консервативная замена (также называется консервативная мутацией или консервативное замещение ) представляет собой кислоту замены аминокислот в белке , который изменяет данный аминокислоты на другую аминокислоту со сходными биохимическими свойствами (например , заряд , гидрофобность и размером ).
И наоборот, радикальная замена или радикальная замена - это замена аминокислоты, при которой происходит замена исходной аминокислоты конечной аминокислотой с различными физико-химическими свойствами.
Описание
Существует 20 встречающихся в природе аминокислот, однако некоторые из них обладают схожими характеристиками. Например, лейцин и изолейцин являются алифатическими разветвленными гидрофобами . Точно так же аспарагиновая кислота и глутаминовая кислота представляют собой небольшие отрицательно заряженные остатки.
Хотя существует много способов классификации аминокислот, их часто разделяют на шесть основных классов на основе их структуры и общих химических характеристик их боковых цепей (R-групп).
Класс | Аминокислоты | 1-буквенный код |
---|---|---|
Алифатический | Глицин , аланин , валин , лейцин , изолейцин | G, A, V, L, I |
Гидроксил или сер / селен отработанных | Серин , цистеин , селеноцистеин , треонин , метионин | S, C, U, T, M |
Циклический | Пролин | п |
Ароматный | Фенилаланин , тирозин , триптофан | F, Y, W |
Базовый | Гистидин , лизин , аргинин | H, K, R |
Кислые и их амиды | Аспартат , глутамат , аспарагин , глутамин | D, E, N, Q |
Физико-химические расстояния предназначены для количественной оценки внутриклассовых и межклассовых различий между аминокислотами на основе их измеримых свойств, и многие такие меры были предложены в литературе. Из-за своей простоты двумя наиболее часто используемыми показателями являются показатели Grantham (1974) и Miyata et al (1979). Следовательно, консервативная замена - это обмен между двумя аминокислотами, разделенными небольшим физико-химическим расстоянием. И наоборот, радикальная замена - это обмен между двумя аминокислотами, разделенными большим физико-химическим расстоянием.
Влияние на функцию
Консервативные замены в белках часто оказывают меньшее влияние на функцию, чем неконсервативные замены. Сниженное влияние консервативных замен на функцию также можно увидеть в возникновении различных замен в природе. Неконсервативные замены между белками с гораздо большей вероятностью будут удалены естественным отбором из-за их вредного воздействия.
Смотрите также
- Разделение сайта
- Ультра-консервативный элемент
- Выравнивание последовательности
- Программное обеспечение для выравнивания последовательностей