Ресурс Eukaryotic Linear Motif - Eukaryotic Linear Motif resource
 | |
|---|---|
| Содержание | |
| Описание | эукариотические линейные мотивы. |
| Связаться с нами | |
| Авторы | Хольгер Динкель Тоби Гибсон |
| Основное цитирование | Динкель и др. (2012) |
| Дата выпуска | 2011 г. |
| Доступ | |
| Веб-сайт | вяз |
Эукариотный Линейный мотив (ВЯЗ) ресурс является вычислительной биологией ресурсом (разработанным в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL)) для исследования коротких линейных мотивов (SLIMS) в эукариотических белках . В настоящее время это самая большая коллекция классов линейных мотивов с аннотированными и экспериментально подтвержденными экземплярами линейных мотивов.
Линейные мотивы задаются как шаблоны с использованием правил регулярных выражений . Эти выражения используются в конвейере предсказания ELM, который обнаруживает предполагаемые экземпляры мотива в белковых последовательностях. Чтобы улучшить предсказательную силу, разрабатываются и применяются контекстные правила и логические фильтры, чтобы уменьшить количество ложных срабатываний совпадений.
По состоянию на 2010 год ELM содержал 146 различных мотивов, которые аннотировали более 1300 экспериментально определенных экземпляров в белках. Текущая версия сервера ELM обеспечивает фильтрацию по компартменту ячейки, филогенезу, конфликту глобулярных доменов (с использованием баз данных SMART / Pfam ) и структуре. Кроме того, идентифицируются и отображаются как известные экземпляры ELM, так и любые сохраняющиеся по положению совпадения в последовательностях, подобных последовательностям экземпляров ELM.
Смотрите также
Рекомендации
внешние ссылки
- Домашняя страница ELM