Ретровирусный пси-элемент упаковки - Retroviral psi packaging element
| Сайт инициации димеризации вируса иммунодефицита человека 1 типа | |
|---|---|
 Прогнозируемая вторичная структура и сохранение последовательности HIV-1_DIS
| |
| Идентификаторы | |
| Условное обозначение | ВИЧ-1_DIS |
| Альт. Символы | Retroviral_psi |
| Рфам | RF00175 |
| Прочие данные | |
| Тип РНК | Цис-регп |
| Домен (ы) | Вирусы |
| ТАК | ТАК: 0000233 |
| Структуры PDB | PDBe |
Ретровирусный фунтов на квадратный дюйм упаковочный элемент , также известный как сигнал упаковки Ψ РНК , представляет собой цис-действующие РНК элемент идентифицированы в геномах ретровирусами вируса иммунодефицита человека (ВИЧ) и обезьяний вирус иммунодефицита (SIV). Он участвует в регуляции основного процесса упаковки генома ретровирусной РНК в вирусный капсид во время репликации. Последний вирион содержит димер двух идентичных несплицированных копий вирусного генома.
В ВИЧ элемент psi имеет длину около 80–150 нуклеотидов и расположен на 5'-конце генома прямо перед кодоном инициации gag . Он имеет известную вторичную структуру, состоящую из четырех шпилек, называемых от SL1 до SL4 (SL для стержневой петли ), которые соединены относительно короткими линкерами. Все четыре петли ствола важны для упаковки генома, и каждая из петель ствола SL1, SL2, SL3 и SL4 была независимо экспрессирована и структурно охарактеризована.
Стеблевая петля 1 (SL1) (также обозначаемая как HIV-1_DIS) состоит из консервативной шпилечной структуры с последовательностью палиндромной петли, которая была предсказана и подтверждена мутагенезом. Эта палиндромная петля известна как сайт инициации первичного димера (DIS), поскольку считается, что она способствует димеризации вирусного генома посредством образования промежуточного продукта «целующегося димера». Rfam структура , показанная на основе модели ковариаций.
Было показано, что SL1 может обеспечивать вторичный сайт связывания для вирусного белка Rev. Белок Rev является важным регуляторным белком ВИЧ, который увеличивает стабильность и транспорт неспецифической вирусной РНК.
Стеблевая петля 2 (SL2) (также называемая SD ВИЧ-1) состоит из высококонсервативной 19-нуклеотидной стволовой петли, которая, как было показано с помощью мутагенеза, модулирует эффективность сплайсинга мРНК ВИЧ-1.
Стеблевая петля 3 (SL3) состоит из высококонсервативной 14-нуклеарной петли, которая была предсказана и подтверждена мутагенезом и масс-спектрометрическим детектированием (MS3D). SL3 ВИЧ-1 сам по себе достаточен, чтобы индуцировать гетерологичную РНК в вирусоподобные частицы, но его делеция не устраняет инкапсидацию .
Стеблевая петля 4 (SL4) состоит из высококонсервативной стеблевой петли из 14 нуклеотидов, которая расположена сразу после стартового кодона gag . Структура была подтверждена мутагенезом и имеет ЯМР и масс-спектрометрическое обнаружение (MS3D). Он также может иметь роли кодирования и некодирования .