Древоискатель - Treefinder

TreeFinder
Разработчики) Гангольф Джобб
Стабильный выпуск
Март 2011 г. / 1 ​​марта 2011 г.  ( 2011-03-01 )
Доступно в английский
Тип Инструмент биоинформатики
Интернет сайт www .treefinder .de

Treefinder - это компьютерная программа для вероятностной реконструкции филогенетических деревьев на основе молекулярных последовательностей. Он был написан Гангольфом Джоббом, бывшим исследователем из Мюнхенского университета , Германия , и первоначально был выпущен в 2004 году. Treefinder предоставляется бесплатно, хотя последняя лицензия запрещает его использование в США и восьми европейских странах.

Обзор

Независимая от платформы графическая среда объединяет стандартный набор анализов: реконструкция филогении , бутстрап-анализ, выбор модели , проверка гипотез , калибровка деревьев, манипуляции с деревьями и данными последовательностей. В Treefinder можно создавать сценарии на проприетарном языке сценариев TL.

Treefinder имеет эффективный алгоритм поиска по дереву, который может вывести деревья с тысячами видов за короткое время. Деревья результатов отображаются и затем могут быть сохранены как отчет о реконструкции, который может служить входными данными для дальнейшего анализа, например, проверки гипотез . Отчет содержит всю информацию об используемом дереве и моделях. Treefinder также поддерживает экспорт результатов в файлы NEWICK или NEXUS .

Программное обеспечение поддерживает широкий набор моделей эволюции последовательностей . В выпуске от июня 2008 г. реализовано 7 моделей нуклеотидных замен (HKY, TN, J1, J2, J3 (= TIM), TVM, GTR), 14 эмпирических моделей аминокислотных замен (BLOSUM, cpREV, Dayhoff, JTT, LG, mtArt, mtMam, mtREV, PMB, rtREV, betHIV, witHIV, VT, WAG), 4 модели замены структурированной рРНК (bactRNA, eukRNA, euk23RNA, mitoRNA), модель белка «Dayhoff Groups» (DG) с 6 состояниями, 2 состояния и модели ДНК с 3 состояниями (GTR3, GTR2), параметрическая смешанная модель (MIX), смешивающая эмпирические модели белков или рРНК, а также определяемая пользователем модель типа GTR (MAP), отображающая символы в состояния по мере необходимости. Доступны три модели неоднородности скорости между сайтами (гамма, гамма + I, I), которые можно комбинировать с любой из моделей замещения. Можно предположить разные модели для разных разделов выравнивания последовательности , и можно предположить, что разделы развиваются с разной скоростью. Все параметры моделей можно оценить на основе данных путем максимизации правдоподобия. Определенные выражения TL, «выражения модели», позволяют кратко записывать сложные модели вместе с их параметрами и режимами оптимизации.

Оригинальная публикация Treefinder 2004 года была процитирована в научной литературе более тысячи раз.

Полемика

1 февраля 2015 года Джобб запретил использование Treefinder в США в целях политического заявления. 1 октября 2015 года автор снова изменил условия лицензии, чтобы исключить использование в Германии, Австрии, Франции, Нидерландах, Бельгии, Великобритании, Швеции и Дании - странах, которые, по его словам, «принимают большинство иммигрантов из неевропейских стран». В сопроводительном заявлении он осудил урегулирование европейского кризиса с мигрантами европейскими странами. Журнал BMC Evolutionary Biology , опубликовавший исходную заметку о приложении, с тех пор отозвал ее, заявив, что изменение лицензии нарушает политику журнала.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Jobb, Gangolf; фон Хезелер, Арндт; Стриммер, Корбинян (2004). «TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики» . BMC Evolutionary Biology . Springer Nature. 4 (1): 18. DOI : 10.1186 / 1471-2148-4-18 . ISSN   1471-2148 . PMC   459214 . PMID   15222900 . (Отказано, см. Doi : 10.1186 / s12862-015-0513-z )
  2. ^ a b "Новости" . Treefinder.de . 2015-09-30 . Проверено 6 февраля 2018 .
  3. ^ «Ученый говорит, что исследователи из дружественных к иммигрантам стран не могут использовать его программное обеспечение» . Наука | AAAS . 2015-09-29 . Проверено 6 февраля 2018 .
  4. ^ «Примечание отвода: TREEFINDER: мощная среда графического анализа для молекулярной филогенетики. Эволюционная биология BMC» . 2015-11-11 . Проверено 11 ноября 2015 .
  5. ^ «BMC отзывает статью ученого, который запретил использование своего программного обеспечения в странах, дружественных к иммигрантам» . Часы отзыва . 11 ноября 2015.

внешняя ссылка