ГРОМОС - GROMOS
Разработчики) | Вильфред ван Гунстерен. Филипп Хюненбергер, Сереина Риникер, Крис Остенбринк |
---|---|
Первый выпуск | 1978 |
Стабильный выпуск | GROMOS 11 v1.3.0 / май 2011 г .
|
Написано в |
Фортран <= 1996, C ++ => 2011 |
Операционная система | Unix-подобный |
Платформа | x86 |
Доступно в | английский |
Тип | Молекулярная динамика |
Лицензия | Проприетарный |
Веб-сайт | www |
GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) - это название силового поля для моделирования молекулярной динамики и связанного с ним программного пакета. Оба они разработаны в Университете Гронингена и в группе компьютерной химии Лаборатории физической химии Швейцарского федерального технологического института ( ETH Zurich ). В Гронингене Герман Берендсен принимал участие в его разработке.
Силовое поле объединенного атома было оптимизировано с учетом свойств конденсированной фазы алканов .
Версии
ГРОМОС87
Алифатические и ароматические атомы водорода были включены неявно, представляя атом углерода и присоединенные атомы водорода как одну группу с центром на атоме углерода, единое силовое поле атома. Параметры силы Ван-дер-Ваальса были получены из расчетов кристаллических структур углеводородов и аминокислот с использованием коротких (0,8 нм) несвязанных радиусов отсечки.
ГРОМОС96
В 1996 году была выпущена существенная переработка программного пакета. Силовое поле также было улучшено, например, следующим образом: алифатические группы CH n были представлены в виде объединенных атомов с репараметризованными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями на основе серии молекулярно-динамических симуляций модельных жидких алканов с использованием длинных (1,4 нм) несвязанных радиусы отсечки. Эта версия постоянно совершенствуется, и доступно несколько различных наборов параметров. GROMOS96 включает исследования молекулярной динамики, стохастической динамики и минимизации энергии. Энергетический компонент также был частью предыдущего GROMOS, названного GROMOS87. GROMOS96 был спроектирован и задуман в течение 20 месяцев. Пакет состоит из 40 различных программ, каждая из которых выполняет свои основные функции. Примером двух важных программ в GROMOS96 являются PROGMT, отвечающий за построение молекулярной топологии, а также PROPMT, изменяющий классическую молекулярную топологию на молекулярную топологию с интегралом по путям.
GROMOS05
Обновленная версия программного обеспечения была представлена в 2005 году.
ГРОМОС11
Текущий релиз ГРОМОС датирован маем 2011 года.
Наборы параметров
Некоторые из наборов параметров силового поля , основанные на силовом поле GROMOS. Версия A применяется к водным или неполярным растворам белков , нуклеотидов и сахаров . Версия B применяется к изолированным молекулам (газовая фаза).
54
- 54A7 - 53A6 взяты и скорректированы члены крутильного угла, чтобы лучше воспроизводить спиральные наклонности, измененные N – H, C = O отталкивания, новую группу заряда CH 3 , параметризацию Na + и Cl - для улучшения свободной энергии гидратации и новых неправильных двугранных углов.
- 54B7 - 53B6 сняты в вакууме и заменены так же, как 53A6 на 54A7.
53
- 53A5 - оптимизированный первой подгонкой для воспроизведения термодинамических свойств чистых жидкостей ряда небольших полярных молекул и энтальпий без сольватации аналогов аминокислот в циклогексане, представляет собой расширение и изменение нумерации 45A3.
- 53A6 - 53A5 взяты и скорректированы частичные заряды для воспроизведения энтальпий без гидратации в воде, рекомендованные для моделирования биомолекул в чистой воде.
45
- 45A3 - подходит для нанесения на липидные агрегаты, такие как мембраны и мицеллы , для смешанных систем алифатических соединений с водой или без нее, для полимеров и других неполярных систем, которые могут взаимодействовать с различными биомолекулами.
- 45A4 - 45A3 изменен для улучшения представления ДНК .
43
- 43A1
- 43A2
Смотрите также
- GROMACS
- Дизайнер Аскалафа
- Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики
- Сравнение реализаций силового поля