ГРОМОС - GROMOS

ГРОМОС
Разработчики) Вильфред ван Гунстерен. Филипп Хюненбергер, Сереина Риникер, Крис Остенбринк
Первый выпуск 1978 ; 42 года назад  ( 1978 )
Стабильный выпуск
GROMOS 11 v1.3.0 / май 2011 г . ; 9 лет назад  ( 2011-05 )
Написано в Фортран <= 1996,
C ++ => 2011
Операционная система Unix-подобный
Платформа x86
Доступно в английский
Тип Молекулярная динамика
Лицензия Проприетарный
Веб-сайт www .gromos .net

GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) - это название силового поля для моделирования молекулярной динамики и связанного с ним программного пакета. Оба они разработаны в Университете Гронингена и в группе компьютерной химии Лаборатории физической химии Швейцарского федерального технологического института ( ETH Zurich ). В Гронингене Герман Берендсен принимал участие в его разработке.

Силовое поле объединенного атома было оптимизировано с учетом свойств конденсированной фазы алканов .

Версии

ГРОМОС87

Алифатические и ароматические атомы водорода были включены неявно, представляя атом углерода и присоединенные атомы водорода как одну группу с центром на атоме углерода, единое силовое поле атома. Параметры силы Ван-дер-Ваальса были получены из расчетов кристаллических структур углеводородов и аминокислот с использованием коротких (0,8 нм) несвязанных радиусов отсечки.

ГРОМОС96

В 1996 году была выпущена существенная переработка программного пакета. Силовое поле также было улучшено, например, следующим образом: алифатические группы CH n были представлены в виде объединенных атомов с репараметризованными ван-дер-ваальсовыми взаимодействиями на основе серии молекулярно-динамических симуляций модельных жидких алканов с использованием длинных (1,4 нм) несвязанных радиусы отсечки. Эта версия постоянно совершенствуется, и доступно несколько различных наборов параметров. GROMOS96 включает исследования молекулярной динамики, стохастической динамики и минимизации энергии. Энергетический компонент также был частью предыдущего GROMOS, названного GROMOS87. GROMOS96 был спроектирован и задуман в течение 20 месяцев. Пакет состоит из 40 различных программ, каждая из которых выполняет свои основные функции. Примером двух важных программ в GROMOS96 являются PROGMT, отвечающий за построение молекулярной топологии, а также PROPMT, изменяющий классическую молекулярную топологию на молекулярную топологию с интегралом по путям.

GROMOS05

Обновленная версия программного обеспечения была представлена ​​в 2005 году.

ГРОМОС11

Текущий релиз ГРОМОС датирован маем 2011 года.

Наборы параметров

Некоторые из наборов параметров силового поля , основанные на силовом поле GROMOS. Версия A применяется к водным или неполярным растворам белков , нуклеотидов и сахаров . Версия B применяется к изолированным молекулам (газовая фаза).

54

  • 54A7 - 53A6 взяты и скорректированы члены крутильного угла, чтобы лучше воспроизводить спиральные наклонности, измененные N – H, C = O отталкивания, новую группу заряда CH 3 , параметризацию Na + и Cl - для улучшения свободной энергии гидратации и новых неправильных двугранных углов.
  • 54B7 - 53B6 сняты в вакууме и заменены так же, как 53A6 на 54A7.

53

  • 53A5 - оптимизированный первой подгонкой для воспроизведения термодинамических свойств чистых жидкостей ряда небольших полярных молекул и энтальпий без сольватации аналогов аминокислот в циклогексане, представляет собой расширение и изменение нумерации 45A3.
  • 53A6 - 53A5 взяты и скорректированы частичные заряды для воспроизведения энтальпий без гидратации в воде, рекомендованные для моделирования биомолекул в чистой воде.

45

  • 45A3 - подходит для нанесения на липидные агрегаты, такие как мембраны и мицеллы , для смешанных систем алифатических соединений с водой или без нее, для полимеров и других неполярных систем, которые могут взаимодействовать с различными биомолекулами.
  • 45A4 - 45A3 изменен для улучшения представления ДНК .

43

  • 43A1
  • 43A2

Смотрите также

Рекомендации

внешние ссылки