Caenorhabditis briggsae - Caenorhabditis briggsae
| Caenorhabditis briggsae | |
|---|---|
Научная классификация 
|
|
| Королевство: | Animalia |
| Тип: | Нематода |
| Класс: | Хромадорея |
| Заказ: | Рабдитида |
| Семья: | Рабдитиды |
| Род: | Caenorhabditis |
| Разновидность: |
C. briggsae
|
| Биномиальное имя | |
|
Caenorhabditis briggsae (Догерти и Нигон, 1949)
|
|
| Синонимы | |
Caenorhabditis briggsae - небольшая нематода, тесно связанная с Caenorhabditis elegans . Различия между двумя видами неуловимы. Хвост самца C. briggsae имеет морфологию, немного отличную от C. elegans . Другие различия включают изменения в компетентности предшественников вульвы и расположение отверстия выводного протока. C. briggsae часто используется для изучения различий между ним и более изученными C. elegans , особенно на уровне последовательности ДНК и белков. Было также выделено несколько мутантных штаммов C. briggsae , которые облегчают генетический анализ этого организма. C. briggsae , как и C. elegans , является гермафродитом . Последовательность генома для C. briggsae была определена в 2003 году.
История
C. briggsae была впервые обнаружена Маргарет Бриггс в 1944 году. Первые особи были выделены из кучи листьев, обнаруженных в кампусе Стэнфордского университета в Пало-Альто. Бриггс, которая изучала свой рассеянный склероз, определила нематод как неизвестный вид рода Rhabditis . Они были официально описаны в 1949 году Догерти и Нигоном и названы Rhabditis briggsae . И C. briggsae, и C. elegans (тогда известные как Rhabditis elegans ) были помещены в новый подрод Caenorhabditis в 1952 году. Позднее в 1955 году подрод был преобразован в род. Первоначальная работа Бриггса с организмом рассматривала его жизненный цикл в различных формах среды в присутствии и отсутствии бактерий. Позже она использовала этот организм в исследованиях действия антибиотиков. Эта работа сыграла важную роль в развитии методов аксенической культуры.
Среда обитания
C. briggsae часто можно найти в компосте, грядках, влажных грибах или гниющих фруктах, богатых микроорганизмами и различными питательными веществами. Основной средой обитания организма часто считаются районы земного шара с умеренным климатом, часто сопровождающие его родственников C. elegans и C. remanei .
Обзор генома
Размер генома C. briggsae составляет примерно 100 МБ, и предполагается, что он кодирует около 20 000 генов. Проект секвенирования всего генома показал, что геномы C. briggsae и C. elegans имеют много общего. Например, оба червя имеют одинаковое количество хромосом (шесть), одинаковый размер генома и одинаковое количество кодирующих белок и небелковых генов. Дальнейший анализ показал, что около 62% генов, кодирующих белок у C. briggsae, имеют ортологи у C. elegans . Тем не менее, существует много интересных видоспецифических особенностей, включая гены, которые служат основой для сравнительного анализа.
Сравнительная геномика
Этот вид объединяется с C. nigoni в супергруппу "Elegans" в филогенетических исследованиях.
- с C. elegans
C. briggsae - почвенная нематода, которая, по оценкам, отделилась от C. elegans около 80–100 миллионов лет назад, но морфологически почти неотличима от нее. Области белков, кодирующих последовательность, в основном консервативны между двумя видами, в то время как большинство межгенных и интронных последовательностей расходятся. Области сходства между последовательностями двух организмов могут указывать на кодирующие экзоны или указывать на регуляторные области и гены РНК, пропущенные в стандартном анализе.