Брюс Дональд - Bruce Donald

Брюс Рэндалл Дональд (родился в 1958 г.) - американский ученый-компьютерщик и компьютерный биолог . Он является профессором компьютерных наук и биохимии Джеймса Б. Дьюка в Университете Дьюка . Он внес большой вклад в несколько областей компьютерных наук, таких как робототехника , микроэлектромеханические системы (МЭМС), геометрические и физические алгоритмы и вычислительная геометрия ; а также в областях структурной молекулярной биологии и биохимии, таких как дизайн белков, определение структуры белков и вычислительная химия .

биография

Дональд получил степень бакалавра с отличием в русском языке и литературах из Йельского университета в 1980 году После работы в Лаборатории компьютерной графики и пространственный анализ в Высшей школе дизайна в Гарвардском университете , он затем учился в MIT ОЦОДА, где он получил его SM в EECS (1984) и Ph.D. Кандидат компьютерных наук (1987) под руководством профессора Томаса Лозано-Переса в лаборатории искусственного интеллекта Массачусетского технологического института . Он присоединился к факультету компьютерных наук Корнельского университета в качестве доцента в 1987 году.

В Корнелле Дональд получил должность в 1993 году и до 1998 года занимал должность адъюнкт-профессора информатики в Корнельском университете . Во время творческого отпуска в Стэнфордском университете (1994–1996) он работал в научно-исследовательском и технологическом инкубаторе Пола Аллена Interval Research Corporation ( 1995-1997), где он и Том Нго совместно изобрели встроенную графику ограничений . После переезда в Дартмут, Дональд был профессором компьютерных наук Джоан П. и Эдварда Дж. Фоули-младшего в Дартмутском колледже с 1933 года до 2006 года, когда он перешел в Университет Дьюка . В настоящее время Дональд является профессором компьютерных наук, химии и биохимии Джеймса Б. Дьюка в Тринити-колледже искусств и наук Университета Дьюка и в Медицинской школе Медицинского центра Университета Дьюка . Дональд был назначен профессором Уильяма и Сью Гросс с 2006 по 2012 год, а в 2012 году - профессором Джеймса Б. Дьюка .

Он сотрудник в Ассоциации вычислительной техники (ACM) и сотрудник в IEEE . Ранее он был научным сотрудником Гуггенхайма (2001–2002 гг.) И получил президентскую премию Национального научного фонда для молодых исследователей (1989–1994 гг.). В 2015 год Дональд был избран сотрудником из Американской ассоциации содействия развитию науки (AAAS) , за вклад в вычислительную молекулярную биологию .

Работа

Ранние исследования Дональда были в области планирования движения роботов и распределенных манипуляций. Позже он внес большой вклад в МЭМС и микробототехнику и сконструировал микророботов МЭМС с размерами 60 мкм на 250 мкм на 10 мкм.

Недавно он провел исследования в области структурной молекулярной биологии; главным образом, дизайн белка и определение структуры белка по данным ЯМР . Он разработал множество алгоритмов для дизайна белков, которые были успешно протестированы экспериментально в лаборатории влажных продуктов. Алгоритмы дизайна белков пытаются включить дополнительную молекулярную гибкость в процесс дизайна за счет использования ансамблей и постоянно гибких ротамеров и скелетов. Дональд также разработал алгоритмы для определения структур биомедицинских белков. Например, алгоритм его подгруппы CRANS (Acta Crystallogr. D 2004; J. Biol. Chem. 2003), который идентифицирует пики перекрестного вращения, согласующиеся с некристаллографической симметрией, был использован при определении структуры фермента дигидрофолатредуктазы-тимидилатсинтазы. (DHFR-TS) из Cryptosporidium hominis , важного достижения в биологии Cryptosporidium. Он разработал множество алгоритмов и вычислительных протоколов для извлечения структурной информации из данных ЯМР и использовал эту информацию для вычисления структур глобулярных белков и симметричных гомоолигомеров. Отличительной особенностью его алгоритмов является то, что они используют меньше данных и предоставляют теоретические гарантии сложности во времени и пространстве (см., Например, Б. Р. Дональда и Дж. Мартина. «Автоматическое назначение ЯМР и определение структуры белка с использованием разреженных ограничений диполярной связи». Progress in NMR Spectroscopy 2009; 55 (2): 101-127). Дональд является автором учебника « Алгоритмы структурной молекулярной биологии, алгоритмов структурной молекулярной биологии» , опубликованного MIT Press (2011).

Студенты

Дональд руководил многими студентами и постдоками, многие из которых сейчас являются профессорами в известных университетах, таких как Массачусетский технологический институт , Университет Карнеги-Меллона , Вашингтонский университет, Сиэтл , Массачусетский университет Амхерста , Дартмутский колледж , Университет Дьюка , Колледж Миддлбери и Университет Торонто ; и некоторые из них являются исследователями в престижных исследовательских организациях, а именно. NIAID , NIST , IBM , Sandia National Laboratories .

Смотрите также

Публикации

Дональд - автор более 100 публикаций. Репрезентативный выбор:

использованная литература

внешние ссылки