Полиморфизм длины амплифицированного фрагмента - Amplified fragment length polymorphism

Пример данных AFLP с прибора капиллярного электрофореза

AFLP-PCR или просто AFLP - это основанный на ПЦР инструмент, используемый в генетических исследованиях, дактилоскопии ДНК и в практике генной инженерии . Разработанная в начале 1990 - х лет Keygene , AFLP использует ферменты рестрикции для переваривания геномной ДНК , с последующим лигированием с адаптерами к липким концам этих фрагментов рестрикции . Затем выбирается подмножество рестрикционных фрагментов для амплификации. Этот отбор достигается за счет использования праймеров, комплементарных последовательности адаптера, последовательности сайта рестрикции и нескольких нуклеотидов внутри фрагментов сайта рестрикции (как подробно описано ниже). Амплифицированные фрагменты разделяют и визуализируют при денатурировании с помощью электрофореза в агарозном геле либо с помощью методов радиоавтографии или флуоресценции , либо с помощью инструментов автоматического капиллярного секвенирования.

Хотя AFLP не следует использовать в качестве аббревиатуры, его обычно называют «полиморфизмом длины амплифицированного фрагмента». Однако полученные данные оцениваются не как полиморфизмы длины, а как полиморфизмы присутствия-отсутствия.

AFLP-PCR - высокочувствительный метод обнаружения полиморфизмов в ДНК . Этот метод был первоначально описан Вос и Забо в 1993 году. Подробно процедура этого метода разделена на три этапа:

  1. Переваривание тотальной клеточной ДНК одним или несколькими рестрикционными ферментами и лигирование рестрикционных полусайтовых адаптеров со всеми рестрикционными фрагментами.
  2. Селективная амплификация некоторых из этих фрагментов с двумя праймерами для ПЦР, которые имеют соответствующие последовательности адаптера и сайта рестрикции.
  3. Электрофоретическое разделение по ампликонов на гелевой матрице, а затем визуализации картины полос.

Приложения

Анализ филогении AFLP с использованием дендрограммы

Технология AFLP позволяет одновременно обнаруживать различные полиморфизмы в разных областях генома. Он также очень чувствителен и воспроизводим. В результате AFLP стал широко использоваться для идентификации генетической изменчивости штаммов или близкородственных видов растений, грибов, животных и бактерий. Технология AFLP использовалась в криминальных тестах и ​​тестах на отцовство, а также для определения небольших различий внутри популяций и в исследованиях сцепления для создания карт для анализа локуса количественных признаков (QTL).

AFLP обладает множеством преимуществ по сравнению с другими маркерными технологиями, включая случайно амплифицированную полиморфную ДНК ( RAPD ), полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) и микросателлиты . AFLP не только имеет более высокую воспроизводимость, разрешение и чувствительность на уровне всего генома по сравнению с другими методами, но также имеет возможность амплифицировать от 50 до 100 фрагментов за один раз. Кроме того, для амплификации не требуется никакой предварительной информации о последовательности (Meudt & Clarke 2007). В результате AFLP стал чрезвычайно полезным при изучении таксонов, включая бактерии, грибы и растения, где многое еще неизвестно о геномном составе различных организмов.

Технология AFLP защищена патентами и патентными заявками Keygene NV AFLP является зарегистрированным товарным знаком Keygene NV.

Рекомендации

Внешние ссылки

Программное обеспечение для анализа данных AFLP

  • BioNumerics Одна универсальная платформа для управления и анализа всех ваших биологических данных, включая AFLP
  • KeyGene Quantar Suite Универсальное программное обеспечение для оценки маркеров
  • Программное обеспечение для анализа фрагментов SoftGenetics GeneMarker

Бесплатное ПО для анализа данных AFLP

  • SourceForge Genographer Бесплатное программное обеспечение для ручного подсчета очков (приложение Java)
  • SourceForge RawGeno Бесплатная автоматическая оценка (среда R CRAN, включая удобный графический интерфейс)

Онлайн-программы для моделирования AFLP-PCR