Анализ молекулярной дисперсии - Analysis of molecular variance

Анализ молекулярной дисперсии ( AMOVA ) - это статистическая модель молекулярного алгоритма для одного вида , обычно биологического . Название и модель навеяны ANOVA . Этот метод был разработан Лораном Экскоффье , Питером Смаусом и Джозефом Кватро в Университете Рутгерса в 1992 году.

С момента разработки AMOVA Excoffier написал программу для выполнения такого анализа. Эта программа, работающая в Windows , называется Arlequin и находится в свободном доступе на веб-сайте Excoffier. Существуют также реализации на языке R в пакетах ade4 и pegas, которые доступны в CRAN (Comprehensive R Archive Network). Другая реализация - в Info-Gen , который также работает в Windows . Студенческая версия бесплатна и полностью функциональна. Родным языком приложения является испанский, но доступна и английская версия.

Дополнительный бесплатный статистический пакет GenAlEx предназначен как для обучения, так и для исследований и позволяет использовать и сравнивать сложные генетические анализы в широко используемом интерфейсе Microsoft Excel. Это программное обеспечение позволяет рассчитывать анализы, такие как AMOVA, а также сравнивать с другими типами тесно связанных статистических данных, включая F-статистику, индекс Шеннона и многое другое.

Рекомендации

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (июнь 1992 г.). «Анализ молекулярной дисперсии, выведенной из метрических расстояний между гаплотипами ДНК: приложение к данным рестрикции митохондриальной ДНК человека» (Полный текст) . Генетика . 131 (2): 479–91. ISSN   0016-6731 . PMC   1205020 . PMID   1644282 .
  2. ^ Peakall, R. и Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: генетический анализ в Excel. Популяционно-генетическое программное обеспечение для обучения и исследований - обновление. Биоинформатика 28, 2537–2539.

внешняя ссылка