Следующее распределение мест для проведения Кубка AFC 2012 было одобрено AFC в ноябре 2011 года. Четыре ассоциации (Йемен, Малайзия, Мальдивы, Мьянма) с наименьшими баллами согласно системе оценки AFC имеют одну команду, выходящую в групповой этап, и одну команду. команда выходит в плей-офф.
A В отличие от предыдущих сезонов, когда проигравшие в полуфинальном раунде плей-офф отборочной лиги AFC также принимали участие в Кубке AFC, с 2012 года только проигравшие в финальном раунде отборочного раунда плей-офф Лиги чемпионов AFC принимали участие в Кубке AFC.
B В Кувейте три команды, заявившие как « Аль-Кувейт» ,занявшие второе место в Кубке АФК 2011 года не смогли выполнить критерии, установленные АФК для участия в Лиге чемпионов АФК 2012 года, и, таким образом, напрямую вошли в Кубок АФК 2012 года.
C Бахрейн , имея право на участие в розыгрыше Кубка AFC, предпочел не участвовать в 2012 году.
G После ухода Ляонина Вуина и дисквалификации Персипуры Джаяпуры изквалификационного плей-офф Лиги чемпионов AFC 2012 в зоне Восточной Азии осталось только три команды, а это означает, что только один проигравший финальный раунд попадет в Кубок AFC в зоне Восточной Азии вместо два. В результате для зоны Восточной Азии не потребовалось отборочного плей-офф, и оба вторых представителя из Малайзии ( Теренггану ) и Мьянмы ( Ayeyawady United ), которые изначально должны были выйти в квалификационный плей-офф Кубка АФК, автоматически вышли в групповой этап. Позже Персипура Джаяпура была временно восстановлена в Лиге чемпионов АФК 2012 года, но АФК решила, что проигравший в квалификационном матче плей-офф между Аделаидой Юнайтед и Персипура Джаяпура не пройдет в групповой этап Кубка АФК 2012 года.
Жеребьевка группового этапа была проведена в Куала-Лумпуре , Малайзия, 6 декабря 2011 года. Клубы из одной страны не могут попадать в одну группу. Победители и призеры каждой группы вышли в плей-офф .
Матчи 1/8 финала были определены по результатам группового этапа. Каждая ничья проводилась как один матч, в котором победители каждой группы ( Команда 1 ) принимали участие в матчах, занявших второе место в другой группе ( Команда 2 ).
Жеребьевка четвертьфиналов, полуфиналов и финала была проведена в Куала-Лумпуре, Малайзия, 14 июня 2012 года. Она определила состав матчей четвертьфиналов и полуфиналов, а также потенциального хозяина финала.
Финал Кубка АФК 2012 года принимал один из финалистов, решенный жеребьевкой. Согласно жеребьевке 14 июня 2012 года победитель второго полуфинала проведет финал. Таким образом, Эрбиль был хозяином поля.